این مسجد در هسته مرکزی اولیه تاریخی شهرکرد واقع و در دوران حکومت اتابکان لر در قرن هفتم ه ق به سبک مساجد قرون اولیه اسلامی ساخته شده است . پلان مسجد شبستانی و به صورت مربع مستطیل به ابعاد ۵/۱۷* ۱۶ متر است. مصالح اولیه آن خشت و آجر بوده که در عصر صفویه نمای آن با آجر کار شده است. مسجد اتابکان قدیمی ترین مسجد و بناهای مذهبی دوران اسلامی در استان است.
مسجد اتابکان شهرکرد به نام‌های مسجد در امامزاده، مسجد امام صادق(ع) بازار نیز از آن نام برده می‌شود. از نظر موقعیت مکانی پاین‌تر از خیابان ملت و در هسته مرکزی و تاریخی بافت قدیمی شهرکرد و رو به وی امامزادگان حلیمه و حکیمه خاتون واقع شده است. این مسجد از قدیمی‌ترین بناهای مذهبی شناخته شده استان چهارمحال و بختیاری با قدمتی هشتصد ساله است و در اوایل قرن هفتم هجری قمری در دوران حکومت سلسله محلی اتابکان لر بزرگ به سبک مساجد قرون اولیه اسلامی ساخته شده است.
این مسجد تاریخی در دوره‌های بعدی به ویژه در دوره صفوی و قاجار و پهلوی بارها مرمت شده و در سال ۱۳۵۱ به شماره ۹۲۹ جز آثار ملی به ثبت رسید و پس از ثبت توسط سازمان میراث فرهنگی مورد توجه بیشتر قرار گرفت و قسمت‌های مختلف آن تعمیر و مرمت شد.
از نظر نوع معماری پلان مسجد شبستانی و به صورت مربع مستطیل در ابعاد ۱۶ در ۱۷ متر است و به صورت سرپوشیده و فاقد ایوان و حیاط مرکزی که خاص مناطق سردسیر است ساخته شده است. مواد و مصالح این بنا از خشت خام و ملات گل است و بعدها دیواره بیرونی آن در سال یک هزار و ۱۱۰ هجری قمری در دوره صفویه از آجر ساخته شده است. این مسجد یکی از مساجد اولیه سرپوشیده است که دارای چهار ستون منشوری شکل قطور آجری و تاقی بر روی آن‌ها استوار شده است و طاق نمای وسطی به ابعاد شش در شش متر فضای میان مسجد را تشکیل می‌دهد.
در طاق شمال شرقی نمای نقش آجری غیر هم سطحی وجود دارد که بر روی کل طاق گچ کشیده‌اند. محراب این مسجد ساده و ظاهرا تزئیناتی نداشته و در بالای سه پنجره هلالی شکل جهت روشنایی احداث گردیده است.
فضای جلوی مسجد به عرض سه متر و حریم سه طرف دیگر به عرض یک متر سنگ فرش گردیده است.
در زمان گذشته در جنب مسجد ساختمانی وجود داشت که تطهیرخانه مسجد محسوب می‌شد و شامل چاه و حوض مستطیل شکل و غیره بود و در هنگام ایجاد خیابان از بین رفت. همچنین از طرف ” حاج سید محمد باقر امامی” نیز دو باب مغازه جهت تامین مخارج مسجد ایجاد شد که آن‌ها را نیز خراب کردند. در بالای محراب نیز با قلم و مرکب سیاه خط نسخ بر روی گچ دیوار نوشته شده ” من اضلم صمن منع مساجد الله ان یذکر فیها اسمه و سعی فی خرابها” در ورودی این مسجد در سمت شمال واقع شده است و در چوبی بسیار نفیس و زیبا دارد و از دو لنگه چوب جنگلی سیاه و منقش و قاب بندی شده دارای گل میخک‌های کوچک و ظریف و نقش ستاره‌ای به ارتفاع ۲٫۵ متر که در پشت لنگه دست راست تاریخ ۶۰۵ هجری قمری حک شده، ساخته شده است.
در طرفین این در دو سکوی سنگی قرار گرفته و در بالای سر در نوری شکل آجری است که در وسط تاقچه ان عبارت ” انا مدینه علم و علی بابها” با خط نستعلیق نوشته شده است. در جنوب غربی مسجد در چوبی دیگری قرار دارد و معلوم می‌شود که بعدها این در را نصب کرده‌اند. جا درهای مشبک آجری به طرف مغرب و پنجره‌های مشبک در طرف مشرق قرار دارند.
در زمان گذشته دور تا دور مسجد قبرستان بود و نمونه‌ای از سنگ قبرهای قدیمی بر روی دیوار جنوبی مسجد گواهی بر قدیمی بودن این مکان تاریخی است.
اهمیت تاریخی مسجد:
این مسجد یکی از قدیمی‌ترین بناهای مذهبی استان چهارمحال و بختیاری به شمار می‌رود و پس از هشت صد سال سابقه تاریخی هنوز قابل استفاده برای اقامه نمازهای یومیه و مراسم گوناگون است و ترکیب و شکل اولیه خود را پس از قرن‌ها حفظ کرده است.
